<div dir="ltr">Hi<div><br></div><div>Still would like an answer to this if possible</div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div><div>Duarte</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, 22 Mar 2019 at 08:59, Mark McDowall <<a href="mailto:mcdowall@ebi.ac.uk">mcdowall@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Duarte,<br>
<br>
We are looking into this at the moment.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Mark<br>
<br>
On 19/03/2019 14:13, Duarte Molha wrote:<br>
> Dear Devs<br>
> <br>
> Could you help me understand why the gene<br>
> <br>
> ATXN7<br>
> <br>
> Has 2 ENSG ids. but they both map to the same external Reference:<br>
> ATAXIN 7; ATXN7 [*607640] (MIM gene record; description: ATAXIN 7; ATXN7,)<br>
> <br>
> The Gene with the most transcripts associated with it is:<br>
> ATXN7 (Human Gene)<br>
> ENSG00000163635 3:63898399-64003453:1<br>
> <br>
> But Overlapping with it you have<br>
> ATXN7 (Human Gene)<br>
> ENSG00000285258 3:63864557-64003462:1<br>
> <br>
> Would it not make sense to add all transcript to the 1st ID and drop the second?<br>
> This unfortunately is not the only gene where this occurs<br>
> <br>
> For example the HGNC symbol DIABLO is associated with 2 ENSG IDs (also overlaping<br>
> The same with CCDC39, IGF2, MATR3, PDE11A, RMRP, SCO2, SPATA13 and TBCE<br>
> <br>
> I am sure this is not the only ones where this is true and it creates a bit of a problem because now I need to be merging <br>
> distinct entities or choose between one of the 2 entries as the main entry for that gene symbol.<br>
> <br>
> Your help on why this occurs and any possible solutions as to how to only select the main one would me much appreciated<br>
> <br>
> Best regards<br>
> <br>
> Duarte Molha<br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
> <br>
<br>
-- <br>
Mark McDowall, PhD | Bioinformatician, Ensembl - Multiscale Genomics<br>
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>
European Molecular Biology Laboratory<br>
Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, UK<br>
Tel: +44-(0)1223-494589<br>
WWW: <a href="http://www.ensembl.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.org</a><br>
WWW: <a href="http://www.multiscalegenomics.eu" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.multiscalegenomics.eu</a><br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div>