<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Dear Abhishek,<div class=""><br class=""></div><div class="">could you please run tabix -H dbNSFP4.0b2a.txt.gz and let me know if it returns the header line starting with #chr  pos(1-based)..? If that is the case could you please let me know who exactly your are running the VEP command together with the dbNSFP plugin command? If the header is returned correctly I’m wondering if the dbNSFP file path is maybe not found correctly by the plugin.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Regards,</div><div class="">Anja<br class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 23 May 2019, at 13:53, Abhishek Nag <<a href="mailto:abhishek@well.ox.ac.uk" class="">abhishek@well.ox.ac.uk</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; direction: ltr; font-family: Tahoma; font-size: 10pt;" class=""><font face="Arial" size="2" class="">Hi,</font><div class=""><font face="Arial" size="2" class=""><br class=""></font></div><div class=""><font face="Arial" size="2" class="">I have been trying to use the dbNSFP database to annotate my variants. Currently, I'm trying to use the latest version of the database (v4.0), but I have also tried using the version 3.5. With both versions, I'm getting the following error message whenever I'm trying to run it -</font></div><div class=""><font face="Arial" size="2" class=""><br class=""></font></div><div class=""><p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; line-height: normal;" class=""><font face="Arial" size="2" class=""><b class="">Failed to instantiate plugin dbNSFP: ERROR: Could not read headers from dbNSFP4.0b2a.txt.gz</b></font></p><p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; line-height: normal;" class=""><font face="Arial" size="2" class=""><br class=""></font></p><p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; line-height: normal;" class=""><font face="Arial" size="2" class="">When I zcat the database file, I am able to read the header line, which was obtained from one of the chromosome files, as suggested in the online manual.</font></p><p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; line-height: normal;" class=""><font face="Arial" size="2" class=""><br class=""></font></p><p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; line-height: normal;" class=""><font face="Arial" size="2" class="">The formatting steps for the database (including tab indexing) seem to have gone fine, so I'm not sure where the problem is. Also, I am being able to use the other VEP Plugins just fine; for now, I'm getting this error messge with only the dbNSFP plugin.</font></p><p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; line-height: normal;" class=""><font face="Arial" size="2" class=""><br class=""></font></p><p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; line-height: normal;" class=""><font face="Arial" size="2" class="">It would be great if I could have some pointers regarding where the issue might be.  </font></p></div><div class=""><font face="Arial" size="2" class=""><br class=""></font></div><div class=""><font face="Arial" size="2" class="">Many Thanks</font></div><div class=""><font face="Arial" size="2" class="">Abhishek</font></div></div><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Dev mailing list    </span><a href="mailto:Dev@ensembl.org" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">Dev@ensembl.org</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="https://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev_ensembl.org" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev_ensembl.org</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Ensembl Blog:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="http://www.ensembl.info/" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">http://www.ensembl.info/</a></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>