<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I m working with VEP (command line) v95 to analyse (large) vcf files and generate VEP -tab files</div><div><br></div><div>I ve realized that the output does not contain all the entries that I m feeding to the tool. I ve been doing several tests for vcf files with 1K, 5K, 10K, 20K, 50K, 100K entries and it looks to me that VEP reads 'a maximum' of 16K8 variants (see VEP stats output below)</div><div><br></div><div>I was not aware that it existed such a limit, nor I am capable of finding any flag regarding this issue. I feel that I m missing a big point, but I do not know which one --sorry in advance if so.</div><div><br></div><div>command:</div><div>./vep -i blablabla.vcf -o blbabla.txt --tab --warning_file blabla.txt --format vcf --cache --offline --force_overwrite --hgvs --symbol --stats_file blablabla.txt --stats_text </div><div><br></div><div>version:</div><div>release 95<br>sub 4f834538054c1aee24098c72f31f92d4c5aa303b<br></div><div><br></div><div>and the stats file content for the run with a vcf file with 100K entries :</div><div> [<font size="1">VEP run statistics]<br>VEP version (API)     95 (95)<br>Annotation sources     Cache: /home/david/.vep/homo_sapiens/95_GRCh37<br>Species homo_sapiens<br>Command line options      --cache --dir /home/david/.vep --force_overwrite --format vcf --hgvs --input_file /home/david/Desktop/tmp/tmp/hq.vcf --offline --output_file /home/david/Desktop/tmp/tmp/vep.txt --stats_file /home/david/Desktop/tmp/tmp/stats_file.txt --stats_text --symbol --tab --warning_file /home/david/Desktop/tmp/tmp/vep_warnings.txt<br>Start time    2019-06-07 10:50:24<br>End time   2019-06-07 10:59:46<br>Run time   562 seconds<br>Input file /home/david/Desktop/tmp/tmp/hq.vcf<br>Output file /home/david/Desktop/tmp/tmp/vep.txt<br><br>[General statistics]<br><span style="background-color:rgb(255,217,102)">Lines of input read        16856</span><br>Variants processed  16855<br>Variants filtered out    0<br>Novel / existing variants    -<br>Overlapped genes     2809<br>Overlapped transcripts    15672<br>Overlapped regulatory features   -</font></div></div>