<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p>Hi David<br>
    </p>
    <div class="moz-cite-prefix">On 07/06/2019 18:44, David Tamborero
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAMk_RaRoqLquqJ5iTAfGwxSyMjFA6W_+Ssaz0goWTYoVdQLd6Q@mail.gmail.com">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <div dir="ltr">Hi Helen
        <div><br>
        </div>
        <div>FYI, if I m not wrong at this time of the day, VEP run
          (--tab output) stops<span
            style="background-color:rgb(255,255,255)"> </span>(w/o any
          msg or warning file created) as soon as a line
          with REF==ALT is reached, so it does not seem to need to
          'accumulate' a number of these 'non-variant' entries </div>
        <div>
          <div><br>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    I am looking into this. Is the variant following the line with
    REF==ALT on the same chromosome?
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAMk_RaRoqLquqJ5iTAfGwxSyMjFA6W_+Ssaz0goWTYoVdQLd6Q@mail.gmail.com">
      <div dir="ltr">
        <div>
          <div>on the other hand, as you say, when using vcf as output
            with the --allow_non_variant flag, entries as e.g.</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>12 111352091 16500 C C . PASS<br>
          </div>
          <div><br>
          </div>
          <div>are included in the output w/o any annotation, </div>
          <div><br>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    When using VCF format as input and output, by default VEP will skip
    non-variant lines of input (where the ALT allele is null).
    <br>
    <br>
    Enabling the --allow_non_variant option the lines will be printed in
    the VCF output with no consequence data added.
    <br>
    <br>
    VEP expects the ALT allele to be null to skip non-variant lines e.g.
    <br>
    <p><br>
      ##fileformat=VCFv4.0<br>
      #CHROM    POS    ID    REF    ALT    QUAL    FILTER    INFO<br>
      22    17181903    var_1    A    G    .    .    .<br>
      22    17188416    var_2    T    .    .    .    .<br>
      22    19353405    var_3    G    A    .    .    . <br>
    </p>
    <p>Regards<br>
      Helen</p>
    <p><br>
    </p>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAMk_RaRoqLquqJ5iTAfGwxSyMjFA6W_+Ssaz0goWTYoVdQLd6Q@mail.gmail.com">
      <div dir="ltr">
        <div>
          <div>thanks!</div>
          <div>and have a nice weekedn</div>
          <div>d</div>
          <div><br>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <div class="gmail_quote">
        <div dir="ltr" class="gmail_attr">El vie., 7 jun. 2019 a las
          18:25, Helen Schuilenburg (<<a
            href="mailto:helens@ebi.ac.uk" moz-do-not-send="true">helens@ebi.ac.uk</a>>)
          escribió:<br>
        </div>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
          0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
          <div bgcolor="#FFFFFF">
            <p>Hi David</p>
            <p>Thanks for the information.</p>
            <p>The VEP should skip non-variant lines of input by default
              and not stop.</p>
            <p>We will look at updating the stats to report the lines
              skiped.</p>
            <p>When using VCF format as input and output, by default VEP
              will skip non-variant lines of input.  Please could you
              try running your sample variants with vcf output (--vcf)
              and --allow_non_variant.</p>
            <p><a
                class="gmail-m_-8637669723232668235moz-txt-link-freetext"
href="https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#filt"
                target="_blank" moz-do-not-send="true">https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#filt</a><br>
            </p>
            <p>With the text output, it should also skip the non-variant
              lines. VEP could be stopping on your input file, if it has
              skipped a number of non-variant lines. We will look into
              this</p>
            <p>Regards<br>
              Helen <br>
            </p>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>