<div dir="ltr">Hi Anja,<div><br></div><div>May I ask for you help this previous question of mine about the 'species' name?</div><div><br></div><div>I am implementing a function in R that will (hopefully) do input validation on the species name before placing requests on the server. For that I need to know what are bona fide species names. So I thought I'd get that info from the /info/species endpoint but I am not entirely sure if I should use the 'name' or whether to allow any of the other aliases...?</div><div><br></div><div>I noticed that for some endpoints I can use 'human' or 'homo_sapiens' interchangeably but I am not sure if other aliases will work for all endpoints too. For example, the display name for human is 'Human' (capital H) does that work too? There are also aliases like 'homo' or 'hsap' will that work? I am looking for a rule that is applicable to all species, not just human.</div><div><br></div><div>Thank you again for your patience.</div><div><br></div><div>RM</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, 17 Jul 2019 at 14:25, Ramiro Magno <<a href="mailto:ramiro.magno@gmail.com">ramiro.magno@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi<div><br></div><div>Several REST API endpoints use the parameter 'species' as a search parameter. Typically, the description of this parameter reads "Species name/alias", e.g., in <a href="http://rest.ensembl.org/documentation/info/analysis" target="_blank">http://rest.ensembl.org/documentation/info/analysis</a>.</div><div><br></div><div>My question is: what is the meaning of "Species name" here? I am asking this because the endpoint <br><div><a href="http://rest.ensembl.org/documentation/info/species" target="_blank">http://rest.ensembl.org/documentation/info/species</a> gives me back a list of species. In this list there are several fields related to the species name:</div><div><br></div><div>  (i) name, e.g. 'gorilla_gorilla';</div><div>  (ii) aliases, e.g., "gorilla gorilla", "9595", "9593", "gorilla", "gorgor", "gorilla_gorilla_gorilla", "ggor", "western gorilla", "gorilla gorilla gorilla","ggorilla";</div></div><div>  (iii) common_name, e.g. "Western Lowland Gorilla";</div><div>  (iv) display_name, e.g. "Gorilla"</div><div><br></div><div>I've seen also the concept "Scientific name" in the Ensembl website as well. Is this the same concept as 'name' aforementioned in (i) but without the underscore ('_') and capitalised (is this a fair assumption)?</div><div><br></div><div>BTW: What is a good database key for species? The 'taxon_id' (returned by /info/species)?</div><div><br></div><div>Many thanks!</div><div><br></div><div>Ramiro Magno</div><div><br></div></div>
</blockquote></div>