<div dir="ltr">Hi ensembl devs,<br><div><br></div><div>I m struggling to fully understand how the 'protein position' column is calculated when I check the variant hgvsp representation </div><div><br></div><div>this happens only for indels; some examples (left=hgvsp entry; right=protein position entry):</div><div><br></div><div>frameshift:<br>ENSP00000277541.6:p.Gln2444ThrfsTer34   2444<br>ENSP00000256474.2:p.Lys159ArgfsTer14   158-159<br>ENSP00000324856.6:p.Tyr253SerfsTer32   252-254<br><br>inframe deletions:<br>ENSP00000356379.4:p.Tyr1373del   1373-1374<br>ENSP00000361824.3:p.Glu2207del    2207<br>ENSP00000339004.3:p.His57del      53-54<br>ENSP00000268125.5:p.Phe96_Phe99del    96-99<br>ENSP00000413720.3:p.Ala171_Ala174del    171-175<br>ENSP00000368332.4:p.Ala114_Ala115del    110-112<br><br>inframe insertions:<br>ENSP00000369497.3:p.Glu238_Ser239insArg   239<br>ENSP00000339867.2:p.Asp687_Gly688insPhe   687-688<br>ENSP00000445920.1:p.Val188_Ala192dup   188-192<br>ENSP00000361824.3:p.Arg2308_Met2309dup   2308-2310<br></div><div><br></div><div>I m guessing that this may be related in part to right/left alignement discrepancies in the reported coordinates between these two columns (e.g. ENSP00000368332.4:p.Ala114_Ala115del --> 110-112 or ENSP00000339004.3:p.His57del  ---> 53-54) ?  </div><div><br></div><div>and that there is certain issue that sometimes makes you report in the protein column 'n' or 'n+1' positions -where n is the number of affected residues according to the HGVSp (e.g.  ENSP00000277541.6:p.Gln2444ThrfsTer34-->2444  or ENSP00000445920.1:p.Val188_Ala192dup  -- > 188-192  report 'n'  whereas ENSP00000413720.3:p.Ala171_Ala174del -->171-175 or ENSP00000368332.4:p.Ala114_Ala115del-->110-112 report 'n+1')?</div><div><br></div><div>apologies if this is documented somewhere, i ve been not able to find the details of that entry</div><div><br></div><div>thanks in advance!</div><div>d</div></div>