<div dir="ltr">Hi Devs,<br><div><br></div><div>I've got a couple of questions/suggestions about this endpoint: eqtl/stable_id/:species/:stable_id.</div><div><br></div><div>Q1: Could you make the json output schema uniform across queries with different optional parameter combinations for the same endpoint? Let me explain what I mean.</div><div><br></div><div>This endpoint has 4 optional parameters, of which 3 are relevant for defining the data obtained: statistic, tissue and variant_name.</div><div><br></div><div>In documented example:</div><div><br></div><div><a href="https://rest.ensembl.org/eqtl/id/homo_sapiens/ENSG00000122435?variant_name=rs302759;statistic=p-value;tissue=Adipose_Subcutaneous;content-type=application/json">https://rest.ensembl.org/eqtl/id/homo_sapiens/ENSG00000122435?variant_name=rs302759;statistic=p-value;tissue=Adipose_Subcutaneous;content-type=application/json</a></div><div><br></div><div>the 3 parameters are specified leading to a very specific response. If we use fewer parameters we get a more comprehensive response not just in the number of associations reported but also in the number of variables returned. Let me illustrate.</div><div><br></div><div>Response after query with:</div><div><br></div><div>1. "variant_name", "statistic=beta" and "tissue": returns only "value" (the beta value, that is.);</div><div>2. "variant_name", "statistic=p-value" and "tissue": returns "value" (the p-value) and "minus_log10_p_value";</div><div>3. "variant_name" and "tissue": returns the beta value, the p-value and "minus_log10_p_value";</div><div>4. "variant_name", "statistic=p-value": returns p-value ("value"), "tissue" and "minus_log10_p_value";</div><div>5. "variant_name", "statistic=beta": returns beta ("value") and "tissue";</div><div>6. "variant_name" only: returns p-value ("value"), beta ("value"), "tissue" and "minus_log10_p_value"; it also returns the accessory variable "statistic" to help discriminate the two "value"s.</div><div>7. If we do not specify any of the 3 optional parameters: returns all variables mentioned so far but also: "seq_region_start", "seq_region_end", "seq_region_name", "display_consequence" and "snp".</div><div><br></div><div>My question, specifically, is why don't you always return all these variables, regardless of the optional parameters passed? I can understand reasons related to bandwidth and perhaps extra computation on the server side but I find that it would be very beneficial on the user side. :)</div><div><br></div><div>Q2: The json output always separates the two statistics: p-value and beta; you separate them as if they were respecting different observations. However, I think they both pertain the same observation, i.e. the eQTL association. p-value is the statistical significance statistic, and the beta value is the effect size statistic. So would it not make more sense to simply return the two variables, p-value and beta, under the same json data object? I.e., instead of having them in separate json objects and using two variables for each, i.e. "statistic" and "value"?</div><div><br></div><div>My apologies for the verbose email!</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div>Best regards, RM</div></div>