<div dir="ltr">Q8: About the assembly mapping endpoint "map/:species/:asm_one/:region/:asm_two": When a region is not mappable, the json response is empty. Example: <a href="https://rest.ensembl.org/map/homo_sapiens/GRCh37/1:1..2:1/GRCh38/?coord_system=chromosome;target_coord_system=chromosome">https://rest.ensembl.org/map/homo_sapiens/GRCh37/1:1..2:1/GRCh38/?coord_system=chromosome;target_coord_system=chromosome</a><br><div><br></div><div>May I suggest to change this behaviour and always return the same structure, i.e., returning the "original" and "mapped" objects, while having the start, end, seq_region_name in "original" object with NA or Null? I am suggesting this because returning an empty response altogether is ambiguous, in my opinion.</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div>Cheers, RM </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, 11 Sep 2019 at 18:04, Ramiro Magno <<a href="mailto:ramiro.magno@gmail.com">ramiro.magno@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Q7: What other values than "chromosome" are possible for the optional parameters "coord_system" and "target_coord_system"?<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, 10 Sep 2019 at 14:21, Ramiro Magno <<a href="mailto:ramiro.magno@gmail.com" target="_blank">ramiro.magno@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Devs,<br><div><br></div><div>I have a few questions about the endpoint "map/cdna/:id/:region".</div><div><br></div><div>Q1: How can I find what species work with this endpoint?</div><div><br></div><div>Q2: Is there a way of specifying the "range" parameter so that it starts at 1 and goes till the end of the cDNA sequence? E.g., 1..end?</div><div><br></div><div>Q3: In the doc, the description of the "id" parameter reads "An Ensembl stable ID". But only transcript ids are valid choices, correct? For example, making the nonsensical query with a gene id gives back a not so tidy error: <a href="https://rest.ensembl.org/map/cdna/ENSG00000115263/1..1000?content-type=application/json;include_original_region=1" target="_blank">https://rest.ensembl.org/map/cdna/ENSG00000115263/1..1000?content-type=application/json;include_original_region=1</a>.</div><div><br></div><div>Q4: What is the meaning of the variable "gap" in the json response? Is it gap=0 means exon, and gap=1 un-mappable region? When I exceed the end position of the transcript in the "range" parameter I always get the excess as a region flagged as gap=1.</div><div><br></div><div>Q5: When I get an excess region as a result of asking a cDNA sequence that goes beyond the length of transcript, why are the genomic coordinates "start" and "end" reported as if they were in cdna coordinate system? E.g., the request: <a href="https://rest.ensembl.org/map/cdna/ENST00000375497/1..1000?content-type=application/json;include_original_region=1" target="_blank">https://rest.ensembl.org/map/cdna/ENST00000375497/1..1000?content-type=application/json;include_original_region=1</a> yields a last block whose coordinates are start=800, end=1000 for both coordinate systems: "cdna" and "chromosome". Would it not make more sense to just report NA or Null instead?</div><div><br></div><div>Q6: What is the meaning of the "rank" variable in the json output?</div><div><br></div><div>Many thanks in advance!</div><div><br></div><div>Cheers, Ramiro</div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>