<div dir="ltr">Hi Devs,<br><div><br></div><div>When can I expect an update on this question?</div><div><br></div><div>Thank you very much indeed.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div><br></div><div>Ramiro Magno</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, 13 Sep 2019 at 16:25, Ramiro Magno <<a href="mailto:ramiro.magno@gmail.com">ramiro.magno@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Devs,<br><div><br></div><div>I am trying to understand here the liftover functionality provided by the "map/:species/:asm_one/:region/:asm_two" endpoint.</div><div><br></div><div>I am getting unexpected results with this endpoint. It could be just because of my expectation which is not correct but I'd appreciate some clarification.</div><div><br></div><div>In attachment you find a csv file with results organised as a table. I've asked the api to map some coordinates from GRCh37 to GRCh38. Each column ending with "_0" indicates query input data, those columns ending in "_1" indicate data I obtained in the json data field named "original", and those ending in "_2" indicate data obtained from the json data field named "mapped".</div><div><br></div><div>In summary:</div><div><br></div><div>- Columns "*_0" are my query values, i.e. GRCh37.</div><div>- Columns "*_1" are data from the "original" json object, I expected the same values as used in the query, i.e. coordinates in GRCh37 assembly.<br></div><div>- Columns "*_1" are data from the "mapped" json object, the new coordinates as mapped onto the GRCh38 assembly.</div><div><br></div><div>I expected coordinates in columns "start_0" and "start_1" to be the same, and in columns "end_0" and "end_1" also to be the same. However, this is not always the case... It seems that, at times, the values returned in "original" and "mapped" have been swapped... I am really confused...</div><div><br></div><div>Here's an example: <a href="https://rest.ensembl.org/map/homo_sapiens/GRCh37/X:10001..60001:1/GRCh38/?coord_system=chromosome;target_coord_system=chromosome" target="_blank">https://rest.ensembl.org/map/homo_sapiens/GRCh37/X:10001..60001:1/GRCh38/?coord_system=chromosome;target_coord_system=chromosome</a></div><div><br></div><div>--- <br>mappings: <br>  - <br>    mapped: <br>      assembly: GRCh38<br>      coord_system: chromosome<br>      end: 10001<br>      seq_region_name: X<br>      start: 10001<br>      strand: 1<br>    original: <br>      assembly: GRCh37<br>      coord_system: chromosome<br>      end: 60001<br>      seq_region_name: X<br>      start: 60001<br>      strand: 1<br></div><div><br></div><div><br></div><div>Many thanks in advance.</div><div><br></div><div>All the best, RM</div><div><br></div></div>
</blockquote></div>