<div dir="ltr"><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default"></div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default">Hello! I read the <a href="http://www.ensembl.info/2018/10/15/new-ensembl-motif-features/">blog post</a> but have some questions about the associated data file <a href="http://ftp.ensembl.org/pub/release-98/regulation/homo_sapiens/MotifFeatures/Homo_sapiens.GRCh38.motif_features.gff.gz">Homo_sapiens.GRCh38.motif_features.gff.gz</a>.</div><div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default"><br></div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default">Do you know what p-value was used in MOODS to generate motif feature files? The MOODS docs give "<code>-p 0.0001" <font face="verdana,sans-serif">as the example p-value, was that what was used? <br></font></code></div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default"><code><font face="verdana,sans-serif"></font><br></code></div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default">Specifically what I am really interested in how I can filter using the score in the motif features GFF file. The scores seem to range from -55 to 24 (or so) -- is there a associated confidence range, e.g. "high confidence" = 20-24? Or a cutoff score? If that makes sense? <br></div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default"><br></div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default"> Or maybe you have more information as to how I can interpret this score? I read the MOODS paper which did not describe this score, and only linked to another paper which I do not have access to.<br></div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default"><br></div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default">Thanks so much! :)<br></div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default">Julie<br></div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default"><br></div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default"><br></div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default"><br></div><br></div><div><br></div></div>