<div dir="ltr">Dear Ensembl Team,<div><br></div><div>I am having a bit of confusion while dealing with UTR's in the reference GTF file for the human genome - Homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gtf. Specifically, while querying the 3 or 5'-UTR of any gene of interest, I get often a long list of different versions of the coordinates. I understand that it depends on the source - Ensembl, Havana-Ensembl, Havana - however how can I tell which UTR is the most relevant? To add up to confusion, there are some cases where for a given gene, there are several version of the coordinates for a same source - actually all other fields are equal, only the coordinates change.</div><div><br></div><div>The case scenario I am in, is that I have to collect all the UTR's of target genes of all existing miRNAs.</div><div><br></div><div>For now, as I don't have sufficient knowledge to judge whether any of the various versions of a given UTR is the most relevant, I ended up making a somewhat arbitrary selection following this algorithm:</div><div><br></div><div>1) If there are different versions for the same source, only keep the first instance that appear in the GTF -> unique combinations source-coordinates</div><div>2) if Ensembl version present, select this one</div><div>3) if Ensembl version not available, pick Ensembl-Havana</div><div>4) if Ensembl-Havana not available, pick Havana</div><div><br></div><div>I get pretty much matching UTRs with other reference sites for about all queries, but there are some differences, and for e.g. finding the seed sequence of a target site in an UTR, oftentimes it is expressed as the position of the start nucleotide from the beginning of the 3'-UTR, and therefore I need an absolute assurance that the UTR I am picking is the correct one (here comparing with the ones published on miRDB like this one: <a href="http://mirdb.org/cgi-bin/target_detail.cgi?targetID=1605627" target="_blank">http://mirdb.org/cgi-bin/target_detail.cgi?targetID=1605627</a>). And in general it'd be great to really understand the nitty-gritty of the differences between the different UTR versions, and be able to select the one that is the most relevant for a specific situation.</div><div><br></div><div>Could you eventually enlighten me on this topic?</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Lexa</div></div>