<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I had a problem with the below code. It is not about the code itself since the first time I ran it I got the results. But then because of a downstream error, unrelated to this one, I had to run it again. I ran it several times and every time there were different error messages until at the end it ran as expected. I got my results but I don't understand the problem here. So, I am reporting :) <br></div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Turkuler<br></div><div><br></div><div><b>Code:</b><br></div><div>library(biomaRt)<br>mart <- useEnsembl(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", version=99, dataset = "hsapiens_gene_ensembl")<br>tx2gene <- getBM(attributes = c("ensembl_transcript_id", "transcript_version", "ensembl_gene_id", "external_gene_name","entrezgene_id"), mart = mart)</div><div><br></div><div><b>Message #1</b></div><div>Error in listMarts(host = host, path = path, port = port, includeHosts = TRUE,  : <br>  Unexpected format to the list of available marts.<br>Please check the following URL manually, and try ?listMarts for advice.<br><a href="http://dec2019.archive.ensembl.org:80/biomart/martservice?type=registry&requestid=biomaRt" target="_blank">http://dec2019.archive.ensembl.org:80/biomart/martservice?type=registry&requestid=biomaRt</a><br>Calls: useEnsembl -> useMart -> listMarts<br>Execution halted</div><div><br></div><div><b>Message #2 </b>(Archive version changes but error message stays the same here)<br><b></b></div><div>Error in listMarts(host = host, path = path, port = port, includeHosts = TRUE,  : <br>  Unexpected format to the list of available marts.<br>Please check the following URL manually, and try ?listMarts for advice.<br><a href="http://jan2020.archive.ensembl.org:80/biomart/martservice?type=registry&requestid=biomaRt" target="_blank">http://jan2020.archive.ensembl.org:80/biomart/martservice?type=registry&requestid=biomaRt</a><br>Calls: useEnsembl -> useMart -> listMarts<br>Execution halted</div><div><br></div><div><b>Message #3</b></div><div>Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  : <br>  line 1 did not have 3 elements<br>Calls: getBM -> read.table -> scan<br>Execution halted</div><div><br></div><div><b>Message #4</b><br></div><div>Error in useMart(biomart = biomart, dataset = dataset, host = host, verbose = verbose) : <br>  Incorrect BioMart name, use the listMarts function to see which BioMart databases are available<br>Calls: useEnsembl -> useMart<br>Execution halted</div><div><br></div><div><b>Message #5 </b>(In this case it continues to the following lines without any problem)<br><b></b></div><div>Note: requested host was redirected from<br><a href="http://jan2020.archive.ensembl.org" target="_blank">http://jan2020.archive.ensembl.org</a> to <a href="http://www.ensembl.org:80/biomart/martservice" target="_blank">http://www.ensembl.org:80/biomart/martservice</a><br>This often occurs when connecting to the archive URL for the current Ensembl release<br>You can check the current version number using listEnsemblArchives()</div><div><br></div><div><b>sessionInfo()</b></div><div>R version 3.5.2 (2018-12-20)<br>Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)<br>Running under: Red Hat Enterprise Linux<br><br>Matrix products: default<br>BLAS: /gpfs/gpfs0/RHEL7-Tools/Software/R/3.5.2/lib64/R/lib/libRblas.so<br>LAPACK: /gpfs/gpfs0/RHEL7-Tools/Software/R/3.5.2/lib64/R/lib/libRlapack.so<br><br>locale:<br> [1] LC_CTYPE=C                 LC_NUMERIC=C              <br> [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    <br> [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   <br> [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 <br> [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            <br>[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       <br><b><br></b>attached base packages:<b><br></b>[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     <br><br>other attached packages:<br> [1] biomaRt_2.38.0  forcats_0.4.0   stringr_1.4.0   dplyr_0.8.3    <br> [5] purrr_0.3.2     readr_1.3.1     tidyr_0.8.3     tibble_2.1.3   <br> [9] ggplot2_3.2.0   tidyverse_1.2.1</div></div>