<div dir="ltr"><div>Hello all,</div><div><br></div><div>I am a software engineer at the Flatiron Institute, where I inherited some code from a predecessor that obtained data from BioMart. From the code, it appears that the following query was being sent in XML format appended to the URL as a query parameter:</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><br><?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><br><!DOCTYPE Query><br><Query  virtualSchemaName = "default" formatter = "FASTA" header = "0" uniqueRows = "0" count = "" datasetConfigVersion = "0.6" ><br>  <Dataset name = "hsapiens_gene_ensembl" interface = "default" ><br>    <Filter name = "upstream_flank" value = "1000"/><br>    <Filter name = "with_entrezgene" excluded = "0"/><br>    <Attribute name = "ensembl_gene_id" /><br>    <Attribute name = "gene_flank" /><br>    <Attribute name = "ensembl_transcript_id" /><br>  </Dataset><br>  </Query></div></blockquote><div><br></div><div>This is a verbatim copy/paste from the code that was used by the person working on the project before me. Apparently at some point it worked, and I had even managed to download some data using this query, but lately it has been failing for me with the following error:</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><pre>Query ERROR: caught BioMart::Exception::Usage: Filter upstream_flank NOT FOUND</pre></div></blockquote><div>Has something changed which renders the upstream_flank filter no longer valid? Could someone offer some guidance for what I should do to replicate the expected results of the query?</div><div><br></div><div>thanks,</div><div>Jerry<br></div></div>