<div dir="ltr"><div>Hi Thomas,</div><div><br></div><div>Thanks for the quick reply. Should I just wait another few days until the maintenance period is over and then retry? I've been giving it a shot every few days and have always received this error, which makes me think that this is not an intermittent issue.</div><div><br></div><div>thanks,</div><div>Jerry<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Apr 7, 2020 at 8:56 AM Thomas Maurel <<a href="mailto:maurel@ebi.ac.uk">maurel@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;">Dear Jerry,<div><br></div><div>I am happy to report that your mart xml query is still valid and working. I am afraid that we have <span style="font-variant-ligatures:normal;white-space:pre-wrap">experienced some intermittent issues with BioMart recently so I am sorry about this. Please note that our website is still working with reduced functionality, please see more information here: </span><a href="http://www.ensembl.info/2020/02/18/reduced-functionality-16th-25th-march-2020/" target="_blank">http://www.ensembl.info/2020/02/18/reduced-functionality-16th-25th-march-2020/</a>.</div><div><span style="white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="white-space:pre-wrap">Hope this helps,</span></div><div><span style="white-space:pre-wrap">Kind Regards,</span></div><div><span style="white-space:pre-wrap">Thomas </span></div><div><div><br><blockquote type="cite"><div>On 7 Apr 2020, at 03:43, Jerry Vinokurov <<a href="mailto:jvinokurov@flatironinstitute.org" target="_blank">jvinokurov@flatironinstitute.org</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><div>Hello all,</div><div><br></div><div>I am a software engineer at the Flatiron Institute, where I inherited some code from a predecessor that obtained data from BioMart. From the code, it appears that the following query was being sent in XML format appended to the URL as a query parameter:</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><br><?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><br><!DOCTYPE Query><br><Query  virtualSchemaName = "default" formatter = "FASTA" header = "0" uniqueRows = "0" count = "" datasetConfigVersion = "0.6" ><br>  <Dataset name = "hsapiens_gene_ensembl" interface = "default" ><br>    <Filter name = "upstream_flank" value = "1000"/><br>    <Filter name = "with_entrezgene" excluded = "0"/><br>    <Attribute name = "ensembl_gene_id" /><br>    <Attribute name = "gene_flank" /><br>    <Attribute name = "ensembl_transcript_id" /><br>  </Dataset><br>  </Query></div></blockquote><div><br></div><div>This is a verbatim copy/paste from the code that was used by the person working on the project before me. Apparently at some point it worked, and I had even managed to download some data using this query, but lately it has been failing for me with the following error:</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><pre>Query ERROR: caught BioMart::Exception::Usage: Filter upstream_flank NOT FOUND</pre></div></blockquote><div>Has something changed which renders the upstream_flank filter no longer valid? Could someone offer some guidance for what I should do to replicate the expected results of the query?</div><div><br></div><div>thanks,</div><div>Jerry<br></div></div>
_______________________________________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="https://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev_ensembl.org" target="_blank">https://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev_ensembl.org</a><br>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br></div></blockquote></div><br><div>
<div><div>--</div><div>Thomas Maurel<br>Bioinformatician - Ensembl Production Team<br>European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>European Molecular Biology Laboratory<br>Wellcome Trust Genome Campus<br>Hinxton<br>Cambridge CB10 1SD<br>United Kingdom</div></div>

</div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="https://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev_ensembl.org" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev_ensembl.org</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div>