<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p>Hi Margaret,</p>
    <p>You obtain SNV in the CADD_RAW column, because you have using the
      file : whole_genome_SNVs_inclAnno.tsv.gz instead of :
      whole_genome_SNVs.tsv.gz that contains CADD score.<br>
    </p>
    <p>CADD plugin only reports scores and does not consider any
      additional annotations from a CADD file. It is therefore
      sufficient to use CADD files without the additional annotations. <br>
    </p>
    <p>Hope this helps</p>
    <p>Best regards</p>
    <p>Souhila<br>
    </p>
    <div class="moz-cite-prefix">Le 07/04/2020 à 22:55, Linan, Margaret
      a écrit :<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:9c1d249146c647f299269eb8da39e8c3@mssm.edu">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered
        medium)">
      <style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal">Hi –<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I am trying to use vep in tab delimited
          mode. But no matter what I do, I keep seeing SNV in the
          CADD_RAW column.
          <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><b><u>Here is my command</u></b>:<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">./vep -i ./project_data/top200k.vcf --tab
          --assembly GRCh38 --cache --offline --dir_plugins
          /root/.vep/Plugins --plugin
          CADD,./project_data/whole_genome_SNVs_in<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">clAnno.tsv.gz,./project_data/InDels_inclAnno.tsv.gz
          -o annotations.vcf --everything --variant_class --sift b
          --polyphen b --ccds --uniprot --hgvs --symbol --num<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">bers --domains --regulatory --canonical
          --protein --biotype --uniprot --tsl --appris --gene_phenotype
          --af --af_1kg --af_esp --af_gnomad --max_af --pubmed --var<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">iant_class –mane<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Margaret<o:p></o:p></p>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <pre class="moz-quote-pre" wrap="">_______________________________________________
Dev mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev_ensembl.org">https://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev_ensembl.org</a>
Ensembl Blog: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a>
</pre>
    </blockquote>
  </body>
</html>