<div dir="ltr">Hi Ensembl Developers,<div><br></div><div>I have tested a number of options and observed behaviors that are unexpected or not described in documentation. Below are the test cases with examples, assuming VEP 99 installed in <font face="monospace">/opt/vep</font> and cache installed in <font face="monospace">/opt/vep/data</font>:</div><div><ol><li><font face="monospace">--verbose</font> option does not enable output of config lines as <a href="https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_config">described in documentation</a>.<br><br><b>Test command. 1</b>:<br><font face="monospace">/opt/vep/vep --dir /opt/vep/data --cache --offline --no_stats --force_overwrite --json --output_file out -i test.vcf</font><br><br><b>STDOUT/STDERR 1</b>:<br><font face="monospace">2020-04-20 13:42:55 - Auto-detected FASTA file in cache directory<br>WARNING: No input file format specified - detected vcf format</font><br><br><b>Output files 1</b>:<br>* out<br><br></li><li><font face="monospace">--verbose</font> enables output of  warning messages to both <font face="monospace">STDERR</font> and <font face="monospace"><output_file>_warnings.txt</font>. If <font face="monospace">--warning_file STDERR</font> is specified, duplicate warning messages are found in STDERR.<br><br><b>Test command 2.1</b>:<br><font face="monospace">/opt/vep/vep --dir /opt/vep/data --cache --offline --no_stats --force_overwrite --json --output_file out -i test.vcf --verbose</font><br><br><b>STDOUT/STDERR 2.1</b>:<br><font face="monospace">2020-04-20 13:44:43 - Auto-detected FASTA file in cache directory<br>WARNING: No input file format specified - detected vcf format<br></font><br><b>Output files 2.1</b>:<br>* out<br>* out_warnings.txt<br><br><br><b>Test command 2.2</b>:<br><font face="monospace">/opt/vep/vep --dir /opt/vep/data --cache --offline --no_stats --force_overwrite --json --output_file out -i test.vcf --verbose --warning_file STDERR</font><br><br><b>STDOUT/STDERR 2.2</b>:<font face="monospace"><br>2020-04-20 13:50:08 - Auto-detected FASTA file in cache directory<br>WARNING: No input file format specified - detected vcf format<br>WARNING: No input file format specified - detected vcf format</font><br><br><b>Output files 2.2</b>:<br>* out<br><br></li><li><font face="monospace">--dir</font>, <font face="monospace">--input_file</font>, <font face="monospace">--output_file</font> options do not work if specified in config file.<br><br><b>Test command 3.1</b>:<br><font face="monospace">/opt/vep/vep --config ./vep.ini</font><br><br><b>./vep.ini 3.1</b>:<br><font face="monospace">dir             /opt/vep/data<br>verbose         1<br>cache           1<br>offline         1<br>no_stats        1<br>force_overwrite 1<br>json            1<br>input_file      test.vcf<br>output_file     out<br>warning_file    STDERR</font><br><br><b>STDOUT/STDERR 3.1</b>:<br><font face="monospace"><br>-------------------- EXCEPTION --------------------<br>MSG: ERROR: Cache directory /home/wallace/.vep/homo_sapiens not found<br><br>STACK Bio::EnsEMBL::VEP::CacheDir::dir /opt/vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/CacheDir.pm:311<br>STACK Bio::EnsEMBL::VEP::CacheDir::init /opt/vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/CacheDir.pm:227<br>STACK Bio::EnsEMBL::VEP::CacheDir::new /opt/vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/CacheDir.pm:111<br>STACK Bio::EnsEMBL::VEP::AnnotationSourceAdaptor::get_all_from_cache /opt/vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/AnnotationSourceAdaptor.pm:115<br>STACK Bio::EnsEMBL::VEP::AnnotationSourceAdaptor::get_all /opt/vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/AnnotationSourceAdaptor.pm:91<br>STACK Bio::EnsEMBL::VEP::BaseRunner::get_all_AnnotationSources /opt/vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/BaseRunner.pm:175<br>STACK Bio::EnsEMBL::VEP::Runner::init /opt/vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/Runner.pm:123<br>STACK Bio::EnsEMBL::VEP::Runner::run /opt/vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/Runner.pm:194<br>STACK toplevel /opt/vep/vep:224<br>Date (localtime)    = Mon Apr 20 13:55:16 2020<br>Ensembl API version = 99<br>---------------------------------------------------</font><br><br><b>Output files 3.1</b>: None<br><br><br><b>Test command 3.2</b>:<br><font face="monospace">/opt/vep/vep --dir /opt/vep/data</font><br><br><b>/opt/vep/data/vep.ini 3.2</b>:<br><font face="monospace">verbose         1<br>cache           1<br>offline         1<br>no_stats        1<br>force_overwrite 1<br>json            1<br>input_file      test.vcf<br>output_file     out<br>warning_file    STDERR</font><br><br><b>STDOUT/STDERR 3.2</b>:<br><font face="monospace">2020-04-20 13:58:48 - Auto-detected FASTA file in cache directory<br>Cannot detect format from STDIN - specify format with --format [format] at /opt/vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/Parser.pm line 369.</font><br><br><b>Output files 3.2</b>: None<br><br><br><b>Test command 3.3</b>:<br><font face="monospace">/opt/vep/vep --dir /opt/vep/data -i test.vcf</font><br><br><b>/opt/vep/data/vep.ini 3.3</b>:<br><font face="monospace">verbose         1<br>cache           1<br>offline         1<br>no_stats        1<br>force_overwrite 1<br>json            1<br>output_file     out<br>warning_file    STDERR</font><br><br><b>STDOUT/STDERR 3.3</b>:<font face="monospace"><br>2020-04-20 14:02:11 - Auto-detected FASTA file in cache directory<br>WARNING: No input file format specified - detected vcf format<br>WARNING: No input file format specified - detected vcf format</font><br><br><b>Output files 3.3</b>:<br>* variant_effect_output.txt<br><br><br><b>Test command 3.4</b>:<br><font face="monospace">/opt/vep/vep --dir /opt/vep/data -i test.vcf -o out</font><br><br><b>/opt/vep/data/vep.ini 3.4</b>:<br><font face="monospace">verbose         1<br>cache           1<br>offline         1<br>no_stats        1<br>force_overwrite 1<br>json            1<br>warning_file    STDERR</font><br><br><b>STDOUT/STDERR 3.4</b>:<font face="monospace"><br>2020-04-20 14:02:11 - Auto-detected FASTA file in cache directory<br>WARNING: No input file format specified - detected vcf format<br>WARNING: No input file format specified - detected vcf format</font><br><br><b>Output files 3.4</b>:<br>* out<br><br></li><li>Log message are gone if output file is STDOUT:<br><br><b>Test command 4</b>:<br><font face="monospace">/opt/vep/vep --dir /opt/vep/data -i test.vcf -o STDOUT</font><br><br><b>./vep.ini 4</b>:<br><font face="monospace">verbose         1<br>cache           1<br>offline         1<br>no_stats        1<br>force_overwrite 1<br>json            1<br>warning_file    STDERR</font><br><br><b>STDOUT/STDERR 4</b>:<br><font face="monospace">{"allele_string":...}</font><br><br><b>Output files 4</b>: None<br></li></ol></div><div>Case 2.2 and 4 seem like unwanted behaviors to me.<br>Anyway, if these are expected per design, it would be great to be documented.</div><div><br></div><div>Thank you.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Regards,<div>Wallace Ko</div></div></div></div></div></div>