<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Hi Sage,<div class=""><br class=""></div><div class="">The ensembl_rest.conf file within the ensembl-rest subdirectory contains a list of parameters fed to VEP from the REST server. If you add </div><div class=""><br class=""></div><div class="">dir = /path/to/cache/file</div><div class=""><br class=""></div><div class="">within the <Controller::VEP> section of the conf file, then VEP should be able to correctly find the cache file and run as expected. Let me know if you have any issues.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Kind Regards,</div><div class="">Andrew<br class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 18 Aug 2020, at 21:58, Sage Hornung <<a href="mailto:sage.hornung@neogenomics.com" class="">sage.hornung@neogenomics.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Hi,<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">I am trying to get ensemble-rest running. I am starting with a VM provided by Ensembl. Its on Ubuntu 20.04 and it has VEP working properly. I can pass ./verify installation and have also ran a few of the test scripts successfully.<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">I am using the 100 Version of the API and would like to use the human assembly GRCh37<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">I have pulled the latest from ensemble-rest on git and flowed the instructions found here<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://github.com/Ensembl/ensembl-rest/wiki/REST-Installation-and-Development" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">https://github.com/Ensembl/ensembl-rest/wiki/REST-Installation-and-Development</a><o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">I am able to get the dev server running but I get this error.<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><p style="background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class=""><span style="font-size: 12pt;" class="">2020/08/18 13:29:19 (1) ReturnError.pm 61> -------------------- EXCEPTION --------------------MSG: ERROR: No root_dir or dir specifiedS TACK Bio::EnsEMBL::VEP::CacheDir::new /home/ensembl/ensembl-api-folder/ensembl-vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/CacheDir.pm:107STACK Bio::EnsEMBL::VEP::AnnotationSourceAdaptor::get_all_from_cache<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></p><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">I have reinstalled VEP with the script inside /VEP and added the cache files (I did resize my drive to 80GB) but I still get the error.<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">My guess is it has something to do with the registry. I have spent some time following the Perl files and tried setting the dir_specified in a few files manually to where my cache files were downloaded unsuccessfully.<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">I would greatly appreciate and help or suggestions.<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Thank You,<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Sage<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><b class=""><span style="font-size: 14pt; color: rgb(0, 74, 151);" class="">Sage Hornung</span></b><span style="font-size: 14pt; color: rgb(0, 74, 151);" class=""><o:p class=""></o:p></span></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 7pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; line-height: 12.05pt;"><i class=""><span style="font-size: 12pt; color: rgb(0, 74, 151);" class="">Software Engineer<span class="Apple-converted-space"> </span></span></i><span style="font-size: 12pt; color: rgb(0, 74, 151);" class=""><o:p class=""></o:p></span></p><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; line-height: 12.05pt;" class=""><b class=""><span style="color: rgb(66, 66, 66);" class="">NeoGenomics Laboratories, Inc.</span></b><span style="color: rgb(66, 66, 66);" class=""><o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; line-height: 12.05pt;" class=""><span style="color: rgb(66, 66, 66);" class="">2131 Faraday Avenue, Carlsbad, CA 92008<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; line-height: 12.05pt;" class=""><b class=""><span style="color: rgb(66, 66, 66);" class="">Phone:<span class="Apple-converted-space"> </span></span></b><span style="color: rgb(66, 66, 66);" class="">760.516.5114<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; line-height: 12.05pt;" class=""><b class=""><span style="color: rgb(66, 66, 66);" class="">Cell:<span class="Apple-converted-space"> </span></span></b><span style="color: rgb(66, 66, 66);" class="">760.755.3930<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; line-height: 12.05pt;" class=""><a href="mailto:sage.hornung@neogenomics.com" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">sage.hornung@neogenomics.com</a><o:p class=""></o:p></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><a href="http://neogenomics.com/" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(0, 74, 151);" class="">neogenomics.com</span></a><span style="color: rgb(0, 74, 151);" class=""><o:p class=""></o:p></span></p><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><a href="http://neogenomics.com/" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(91, 155, 213); text-decoration: none;" class=""><span id="cid:image001.png@01D67566.40B2C520"><image001.png></span></span></a><span style="color: rgb(91, 155, 213);" class=""><o:p class=""></o:p></span></p><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><a href="https://www.linkedin.com/company/neogenomics-laboratories/" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(91, 155, 213); text-decoration: none;" class=""><span id="cid:image002.png@01D67566.40B2C520"><image002.png></span></span></a><span style="color: rgb(91, 155, 213);" class="">  <span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="https://twitter.com/NeoGenomics" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(91, 155, 213); text-decoration: none;" class=""><span id="cid:image003.png@01D67566.40B2C520"><image003.png></span></span></a><span style="color: rgb(91, 155, 213);" class="">   </span><a href="https://www.youtube.com/channel/UCBa0vLyn1ZO7tW-RyJOrxPA" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(91, 155, 213); text-decoration: none;" class=""><span id="cid:image004.png@01D67566.40B2C520"><image004.png></span></span></a><span style="color: rgb(31, 73, 125);" class=""><o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div></div><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">This communication and its attachments contain confidential information and is intended only for the named addressee. If you are not the named addressee you should not disseminate, distribute or copy this communication. Please notify the sender immediately if you have received this communication by mistake and delete or destroy this communication. Communications cannot be guaranteed to be secured or error-free as information could be intercepted, corrupted, lost, destroyed, arrive late or incomplete, or contain viruses. The sender therefore does not accept liability for any errors or omissions in the contents of this communication which arise as a result of transmission. If verification is required please request a hard-copy version. NeoGenomics Laboratories, 12701 Commonwealth Dr, Fort Myers, FL 33913,<span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="http://www.neogenomics.com/" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">http://www.neogenomics.com</a><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class=""><span class="Apple-converted-space"> </span>(2020) _______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Dev mailing list    </span><a href="mailto:Dev@ensembl.org" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">Dev@ensembl.org</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="https://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev_ensembl.org" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev_ensembl.org</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Ensembl Blog:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="http://www.ensembl.info/" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">http://www.ensembl.info/</a></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>