<div dir="ltr">I get the following message running<div>docker run -t -i \<br>-v /mnt/hdd/dnanexus/docker/vep_mounted_volumes/GRCh38/vep_data:/opt/vep/.vep \<br>ensemblorg/ensembl-vep \<br>perl INSTALL.pl -a cfp -s homo_sapiens_merged -y GRCh38 -g all \<br>;<br><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br></div><div>Version check reports there are post-release updates available of ensembl-vep (installed: 103.0, available: 103.1)<br><br>You should exit this installer and re-download 'ensembl-vep' if you wish to update<br><br>Do you wish to exit so you can get updates (y) or continue (n): n<br></div><div><br></div><div>How would I get 103.1 via docker?</div><div><br></div><div>Having accepted version 103, after the genome fastq downloads, the INSTALL process fails with</div><div><br></div><div>#- getting list of available cache files<br>NB: Remember to use --merged when running the VEP with this cache!<br> - downloading <a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-103/variation/indexed_vep_cache/homo_sapiens_merged_vep_103_GRCh38.tar.gz">ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-103/variation/indexed_vep_cache/homo_sapiens_merged_vep_103_GRCh38.tar.gz</a><br>Cannot open Local file /opt/vep/.vep/tmp/CHECKSUMS: No such file or directory<br> at INSTALL.pl line 1244.<br>curl failed (150), trying to fetch using LWP::Simple<br>LWP::Simple failed (404), trying to fetch using HTTP::Tiny<br>Use of uninitialized value in numeric eq (==) at /usr/share/perl/5.26/HTTP/Tiny.pm line 606.<br>Use of uninitialized value in numeric eq (==) at /usr/share/perl/5.26/HTTP/Tiny.pm line 606.<br>ERROR: Failed last resort of using HTTP::Tiny to download <a href="ftp://ftp.ensembl.org:21/pub/release-103/variation/indexed_vep_cache/CHECKSUMS">ftp://ftp.ensembl.org:21/pub/release-103/variation/indexed_vep_cache/CHECKSUMS</a><br></div><div><br></div><div><br></div><div>ॐ<br>Michael Yourshaw<br><a href="mailto:myourshaw@ucla.edu" target="_blank">myourshaw@gmail.com</a><br><br>This message is intended only for the use of the addressee and may contain information that is PRIVILEGED and CONFIDENTIAL, and/or may contain ATTORNEY WORK PRODUCT. If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination of this communication is strictly prohibited. If you have received this communication in error, please erase all copies of the message and its attachments and notify us immediately. Thank you.</div></div></div></div></div></div>