<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; } @page { margin: 0.79in; } p.western { font-size: 11pt; } p.cjk { font-family: Cambria; font-size: 11pt; } p.ctl { font-size: 11pt; } a:link { color: rgb(0, 0, 255); }--></style>
</head>
<body dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Hello, <br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>I'm using the VEP command line from the Docker container with both JSON and VCF output. I've noticed that the JSON output is missing fields that are shown in the VCF file. </p>
<p><br>
</p>
<p>For example, the CSQ (from the INFO column in the VCF file) contains the gene's SYMBOL. The JSON output does not (not for any of the variants.) Both the JSON and the VCF output is from the same original VCF input file. <br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>The sample JSON found at <a href="https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html#json">https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html#json</a> does show a "gene_symbol" key, which is missing from my output. <br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>The commands used to generate the two annotation outputs were...​<br>
</p>
<blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;">
<div><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: Consolas, monospace;"><span style="font-family: Consolas, monospace;">vep  --cache  --dir_cache=/opt/vep/.vep  -i  "/path/$filename"  -o  "/path/${filename}.an</span></span><span style="font-family: Consolas, monospace;"><span style="font-family: Consolas, monospace;"><span style="font-family: Consolas, monospace;">notated.vcf" 
 --offline  --vcf  --force_overwrite</span></span></span></span></div>
<div><br style="font-family: Consolas, monospace; font-size: 8pt;">
</div>
<div><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: Consolas, monospace;"><span style="font-family: Consolas, monospace;">vep  --cache  --dir_cache=/opt/vep/.vep  -i  "/path/$filename"  -o  "/path/${filename}.an</span></span><span style="font-family: Consolas, monospace;"><span style="font-family: Consolas, monospace;"><span style="font-family: Consolas, monospace;">notated.json" 
 --offline  --json  --force_overwrite</span></span></span></span></div>
</blockquote>
<p><br>
</p>
<p>Should I be using additional switches to get the comparable output?<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Thanks!<br>
</p>
<p>Mike<br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
<style type="text/css"> <!-- @page   {margin:0.79in} p.western       {font-size:11pt} p.cjk  {font-family:"Cambria";       font-size:11pt} p.ctl   {font-size:11pt} a:link         {color:#0000ff} --> </style>
<p class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><font color="#0047b9"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt"><span lang="en-US"><b>Michael Rightmire</b></span></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><font color="#7f7f7f"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt"><span lang="en-US">Bioinformatics and Omics Data Analytics (B240)</span></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><font color="#7f7f7f"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt"><span lang="en-US">Omics Software Architect</span></font></font></font><font color="#7f7f7f"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt"><span lang="en-US">
</span></font></font></font></p>
<p lang="en-US" class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><br>
</p>
<p class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><font color="#0047b9"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt"><span lang="en-US">German Cancer Research Center (DKFZ)</span></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><span style="font-size:10pt; font-family:Arial,serif; color:rgb(128,128,128)">Im Neuenheimer Feld 280</span></p>
<p class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><font color="#808080"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt">69120 Heidelberg</font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><font color="#808080"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt">Germany</font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><span style="color:rgb(128,128,128); font-family:Arial,serif; font-size:13.3333px">phone: </span><font color="#808080"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt">+49 176 7131
 8758</font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><font color="#808080" style="font-size:11pt"><font face="Arial, serif"><font style="font-size:10pt">fax: +49 6221 42-</font></font></font><span style="font-size:11pt"><font color="#808080"><font face="Arial, serif"><font style="font-size:10pt">3563</font></font></font></span></p>
<p class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><br>
</p>
<p class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><a tabindex="0" href="mailto:m.mustermann@dkfz.de" id="NoLP"><font color="#0047b9"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt">M.Rightmire</font></font></font><font color="#0047b9"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt">@dkfz</font></font></font><font color="#0047b9"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt">-heidelberg</font></font></font><font color="#0047b9"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt">.de</font></font></font></a><font color="#0047b9"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt">
</font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom:0in; line-height:100%"><font color="#0047b9"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size:10pt"><a tabindex="0" href="http://www.dkfz.de/" id="NoLP">www.dkfz.de</a></font></font></font></p>
</div>
</div>
</body>
</html>