<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><a href="https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Sequence_cDNA?db=core;g=ENSG00000288649;r=20:33667144-33668235;t=ENST00000678634">https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Sequence_cDNA?db=core;g=ENSG00000288649;r=20:33667144-33668235;t=ENST00000678634</a><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small">The first codon is GTG. I would not have expected that to be Methionine.</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small">I looked in the text files, and there are 123 of these transcripts where the start codon is NOT ATG but the aa is M, in Homo sapiens.</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><pre class="gmail-c-mrkdwn__pre" style="box-sizing:inherit;margin:4px 0px;padding:8px;font-size:12px;line-height:1.50001;font-variant-ligatures:none;white-space:pre-wrap;word-break:normal;font-family:Monaco,Menlo,Consolas,"Courier New",monospace;border-radius:4px;color:rgb(29,28,29);font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:left;text-indent:0px;text-transform:none;word-spacing:0px;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">{'error': 0,<br style="box-sizing:inherit"> 'methionine': 91434,<br style="box-sizing:inherit"> 'GTG': 22,<br style="box-sizing:inherit"> 'ATA': 10,<br style="box-sizing:inherit"> 'CTG': 67,<br style="box-sizing:inherit"> 'ACG': 8,<br style="box-sizing:inherit"> 'TTG': 9,<br style="box-sizing:inherit"> 'ATT': 5,<br style="box-sizing:inherit"> 'AAC': 1,<br style="box-sizing:inherit"> 'AAG': 1}</pre><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small">Why is that? <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small">Specifically I would like a rule I can use, as my HGVSp strings are different from VEP for this reason.</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small">Thanks!<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small">Julie<br></div></div>