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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">I’m trying to do some work through the API for a plant genome, but I can’t get the initial connection to work. This is a script I’ve used many times before, but now seems to be failing. I’ve checked the docs but can’t see any major changes.
I’m using the latest API release and I can manually connect to the mysql server OK and see the list of databases there.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Any suggestions would be very welcome.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><br>
Thanks<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Simon.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">#!/usr/bin/perl<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">use warnings;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">use strict;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">use lib ("/home/andrewss/EnsemblAPI/bioperl-live");<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">use lib ("/home/andrewss/EnsemblAPI/ensembl/modules");<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">use Bio::EnsEMBL::Registry;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">$registry->load_registry_from_db(<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -host => 'mysql-eg-publicsql.ebi.ac.uk',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -port => 4157,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -user => 'anonymous'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> );<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">my @adapters = @{$registry -> get_all_DBAdaptors(-group => 'core')};<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">warn "Found ".scalar @adapters." adapters from $registry \n";<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">my $db_adapter = $registry->get_DBAdaptor("Hordeum_vulgare",'Core');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">print($db_adapter);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">## Results:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">$ ./test_plants.pl<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Found 0 adapters from Bio::EnsEMBL::Registry<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">-------------------- WARNING ----------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">MSG: Hordeum_vulgare is not a valid species name (check DB and API version)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">FILE: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 1334<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">CALLED BY: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 636<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Date (localtime) = Fri Aug 5 10:18:45 2022<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Ensembl API version = 107<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">---------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">-------------------- EXCEPTION --------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">MSG: Can not find internal name for species 'Hordeum_vulgare'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STACK Bio::EnsEMBL::Registry::get_DBAdaptor /home/andrewss/EnsemblAPI/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm:640<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STACK toplevel ./test_plants.pl:22<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Date (localtime) = Fri Aug 5 10:18:45 2022<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Ensembl API version = 107<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
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