<div dir="ltr">Dear Syed Hossain, <br><br><div>Thanks for the response. The article you referred to was published in 2016. There have been many vep releases after that and I think a lot has changed. Are you saying that the runtime / performance numbers cited in that article in 2016 are still valid?<br><br>Secondly, you mentioned one underlying computation step (

 linkage disequilibrium stats ). Can you point me to any publication / study that lists the algorithms (and mathematical operations ) used in VEP or other variant analysis tools? If there are no studies, can you atleast point me to perl files that implement 

 linkage disequilibrium stats  step.<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><br>Third: I read about the fork  / multithreaded option. However, this option is still meant for CPU execution i.e. Multi-Core CPU execution. We can create many (100-200) simple cores (PEs) in a mid-sized FPGA chip. However, these simple cores will not be as complex as Xeon Processor cores. e.g. FPGA cores are not good for Floating Point Ops. <br><br></div><div dir="ltr">I was just wondering if there are any mathematical operations in VEP algorithms that can only be run on CPUs. In other words, there are steps in VEP processing that are not suitable for GPUs / FPGA chips. <br>FPGA chips are better at simple Integer Arithmetic and logical operations and if mathematical operations in VEP are also simple integer arithmetic and logical operations, 100 cores in FPGA can theoretically give 100x Speed Up over One Xeon Core. <br><br>Muhammad Ali Akhtar<br></div></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Aug 30, 2022 at 1:52 PM Syed Hossain <<a href="mailto:snhossain@ebi.ac.uk">snhossain@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello Muhammad Ali Akhtar,<br>
<br>
Thanks for the query!<br>
<br>
1. So we do have our performance analysis on VEP which was published on <br>
the latest paper. You can check the result here -<br>
<a href="https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0974-4" rel="noreferrer" target="_blank">https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0974-4</a>.<br>
<br>
2. VEP have option to run in multiple thread (--fork option, see - <br>
<a href="https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_fork" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_fork</a>) <br>
which suitable to run on multiple core clusters. And some of the <br>
underlying computation (such as linkage disequilibrium stats) are in C <br>
and Perl works as a wrapper. We do have a longer time plan to switch to <br>
a modern language.<br>
<br>
Hope that answers your query.<br>
<br>
Best regards,<br>
Nakib<br>
<br>
On 2022-08-27 14:20, Muhammad Ali Akhtar wrote:<br>
> Hello Everyone,<br>
> <br>
> This is my first time interacting with the VEP dev team. Just had a<br>
> few questions.<br>
> <br>
> 1. Are there any studies / reports out there with runtime /<br>
> performance analysis of VEP?<br>
> 2. Have there been any efforts on improving VEP performance? like<br>
> coding in different languages (C/C++/) or using different processors<br>
> (GPUs / FPGAs)?<br>
> <br>
> I ask this because many steps (Like sequence alignment, variant<br>
> calling)  in the genome processing pipeline are being targeted for<br>
> hardware acceleration but I couldn't find anything on customising /<br>
> improving VEP run time. Is it because the runtime of VEP has been<br>
> short / average even for most demanding workloads?<br>
> <br>
> Regards,<br>
> Muhammad Ali Akhtar<br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
> <a href="https://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev_ensembl.org" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev_ensembl.org</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div>