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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello all, <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I have installed the perl API and am using it to query Ensembl for orthologs across all species in the main/vertebrates database. I can get a list of Ensembl ids for all the orthologs using the HomologyAdaptor and GeneMemberAdaptor. However,
when I go to use these Ensembl ids to retrieve the gene sequence using SliceAdaptor->fetch_by_gene_stable_id($gene), many species (116 out of 166) give an error message as seen below. I can retrieve gene sequences for the remainder of the species, and I can't
see any pattern or systematic differences in the ones that work vs. those that don't.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">-------------------- WARNING ----------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">MSG: Scophthalmus maximus is not a valid species name (check DB and API version)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">FILE: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 1334<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">CALLED BY: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 1109<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Date (localtime) = Fri Oct 6 09:47:29 2023<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Ensembl API version = 110<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">---------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I tested a selection of these species with the ping_ensembl.pl script and some of them ping while others don’t:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[cjagla@mapp02 ~/homologuer]$ perl /data/users/cjagla/src/ensembl/misc-scripts/ping_ensembl.pl -species "Ovis aries"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Installation is good. Connection to Ensembl works and you can query the Ovis aries core database<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[cjagla@mapp02 ~/homologuer]$ perl /data/users/cjagla/src/ensembl/misc-scripts/ping_ensembl.pl -species "Ovis aries" -ue<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Installation is good. Connection to Ensembl works and you can query the Ovis aries core database<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[cjagla@mapp02 ~/homologuer]$ perl /data/users/cjagla/src/ensembl/misc-scripts/ping_ensembl.pl -species "Anolis carolinensis" -ue<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">-------------------- WARNING ----------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">MSG: Anolis carolinensis is not a valid species name (check DB and API version)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">FILE: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 1334<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">CALLED BY: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 636<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Date (localtime) = Fri Oct 6 09:30:41 2023<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Ensembl API version = 110<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">---------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ERROR: Error detected when connecting to Ensembl!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Species was not found. You may have accidentally download the HEAD API version (found API release 110 & public FTP release is 110). Please consult
<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html">http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">================================================================================<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">If the problem persists please send the following error message to
<a href="mailto:helpdesk@ensembl.org">helpdesk@ensembl.org</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">-------------------- EXCEPTION --------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">MSG: Can not find internal name for species 'Anolis carolinensis'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STACK Bio::EnsEMBL::Registry::get_DBAdaptor /data/users/cjagla/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm:640<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STACK (eval) /data/users/cjagla/src/ensembl/misc-scripts/ping_ensembl.pl:131<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STACK toplevel /data/users/cjagla/src/ensembl/misc-scripts/ping_ensembl.pl:114<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Date (localtime) = Fri Oct 6 09:30:41 2023<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Ensembl API version = 110<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">---------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">================================================================================<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[cjagla@mapp02 ~/homologuer]$ perl /data/users/cjagla/src/ensembl/misc-scripts/ping_ensembl.pl -species "Scophthalmus maximus"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">-------------------- WARNING ----------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">MSG: Scophthalmus maximus is not a valid species name (check DB and API version)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">FILE: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 1334<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">CALLED BY: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 636<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Date (localtime) = Fri Oct 6 10:07:10 2023<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Ensembl API version = 110<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">---------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ERROR: Error detected when connecting to Ensembl!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Species was not found. You may have accidentally download the HEAD API version (found API release 110 & public FTP release is 110). Please consult
<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html">http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">================================================================================<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">If the problem persists please send the following error message to
<a href="mailto:helpdesk@ensembl.org">helpdesk@ensembl.org</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">-------------------- EXCEPTION --------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">MSG: Can not find internal name for species 'Scophthalmus maximus'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STACK Bio::EnsEMBL::Registry::get_DBAdaptor /data/users/cjagla/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm:640<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STACK (eval) /data/users/cjagla/src/ensembl/misc-scripts/ping_ensembl.pl:131<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STACK toplevel /data/users/cjagla/src/ensembl/misc-scripts/ping_ensembl.pl:114<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Date (localtime) = Fri Oct 6 10:07:10 2023<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Ensembl API version = 110<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">---------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">================================================================================<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I also loaded the registry using the -verbose option and found that all the core databases are being loaded with version 110 of their databases, and I am using v110 of the API:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">...<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Species 'anolis_carolinensis' loaded from database 'anolis_carolinensis_core_110_2'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Species 'ovis_aries' loaded from database 'ovis_aries_core_110_31'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Species 'scophthalmus_maximus' loaded from database 'scophthalmus_maximus_core_110_1'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">...<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ensembl_compara_110 loaded<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ensembl_ancestral_110 loaded<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ensembl_ontology_110 loaded<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ncbi_taxonomy_110 loaded<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ensembl_metadata_110 loaded<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">No production database or adaptor found<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ensembl_stable_ids_110 loaded<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I have tried uninstalling and reinstalling the Ensembl API using the GitHub method, which did not resolve the issue.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The only thing of note that I can see from the -verbose output is the second-to-last line, "No production database or adaptor found" - I'm not sure what that's referring to, but it looks like the load_registry_from_db method is looking
for something and not finding it, so it could be relevant?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Does anyone have any suggestions to resolve this issue? It's a major roadblock and I can't move forward in my research until I fix it.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thank you,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Caitlin Jagla<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Bioinformatics Data Scientist <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Signature Science <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><a href="mailto:cjagla@associates.signaturescience.com">cjagla@associates.signaturescience.com</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Output of requested commands from 'debugging ensembl API' page:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">perl -V<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Summary of my perl5 (revision 5 version 32 subversion 1) configuration:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Platform:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> osname=linux<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> osvers=4.18.0-425.3.1.el8.x86_64<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> archname=x86_64-linux-thread-multi<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> uname='linux 70a103858837433dbfc3ed5de4202b9b 4.18.0-425.3.1.el8.x86_64 #1 smp tue nov 8 14:08:25 est 2022 x86_64 x86_64 x86_64 gnulinux '<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> config_args='-des -Doptimize=none -Dccflags=-O2 -flto=auto -ffat-lto-objects -fexceptions -g -grecord-gcc-switches -pipe -Wall -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wp,-D_GLIBCXX_ASSERTIONS -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-cc1
-fstack-protector-strong -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-annobin-cc1 -m64 -march=x86-64-v2 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -fcf-protection -Dldflags=-Wl,-z,relro -Wl,--as-needed -Wl,-z,now -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld
-specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-annobin-cc1 -Dccdlflags=-Wl,--enable-new-dtags -Wl,-z,relro -Wl,--as-needed -Wl,-z,now -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-annobin-cc1 -Dlddlflags=-shared -Wl,-z,relro -Wl,--as-needed
-Wl,-z,now -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-annobin-cc1 -Dshrpdir=/usr/lib64 -DDEBUGGING=-g -Dversion=5.32.1 -Dmyhostname=localhost -Dperladmin=root@localhost -Dcc=gcc -Dcf_by=Red Hat, Inc. -Dprefix=/usr -Dvendorprefix=/usr
-Dsiteprefix=/usr/local -Dsitelib=/usr/local/share/perl5/5.32 -Dsitearch=/usr/local/lib64/perl5/5.32 -Dprivlib=/usr/share/perl5 -Dvendorlib=/usr/share/perl5/vendor_perl -Darchlib=/usr/lib64/perl5 -Dvendorarch=/usr/lib64/perl5/vendor_perl -Darchname=x86_64-linux-thread-multi
-Dlibpth=/usr/local/lib64 /lib64 /usr/lib64 -Duseshrplib -Dusethreads -Duseithreads -Dusedtrace=/usr/bin/dtrace -Duselargefiles -Dd_semctl_semun -Di_db -Ui_ndbm -Di_gdbm -Di_shadow -Di_syslog -Dman3ext=3pm -Duseperlio -Dinstallusrbinperl=n -Ubincompat5005
-Uversiononly -Dpager=/usr/bin/less -isr -Dd_gethostent_r_proto -Ud_endhostent_r_proto -Ud_sethostent_r_proto -Ud_endprotoent_r_proto -Ud_setprotoent_r_proto -Ud_endservent_r_proto -Ud_setservent_r_proto -Dscriptdir=/usr/bin -Dusesitecustomize -Duse64bitint'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> hint=recommended<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> useposix=true<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> d_sigaction=define<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> useithreads=define<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> usemultiplicity=define<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> use64bitint=define<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> use64bitall=define<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> uselongdouble=undef<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> usemymalloc=n<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> default_inc_excludes_dot=define<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> bincompat5005=undef<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Compiler:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> cc='gcc'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ccflags ='-D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -O2 -flto=auto -ffat-lto-objects -fexceptions -g -grecord-gcc-switches -pipe -Wall -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wp,-D_GLIBCXX_ASSERTIONS -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-cc1
-fstack-protector-strong -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-annobin-cc1 -m64 -march=x86-64-v2 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -fcf-protection -fwrapv -fno-strict-aliasing -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> optimize=' -g'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> cppflags='-D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -O2 -flto=auto -ffat-lto-objects -fexceptions -g -grecord-gcc-switches -pipe -Wall -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wp,-D_GLIBCXX_ASSERTIONS -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-cc1
-fstack-protector-strong -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-annobin-cc1 -m64 -march=x86-64-v2 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -fcf-protection -fwrapv -fno-strict-aliasing -I/usr/local/include'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ccversion=''<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> gccversion='11.3.1 20221121 (Red Hat 11.3.1-4)'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> gccosandvers=''<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> intsize=4<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> longsize=8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ptrsize=8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> doublesize=8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> byteorder=12345678<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> doublekind=3<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> d_longlong=define<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> longlongsize=8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> d_longdbl=define<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> longdblsize=16<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> longdblkind=3<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ivtype='long'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ivsize=8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> nvtype='double'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> nvsize=8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Off_t='off_t'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> lseeksize=8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> alignbytes=8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> prototype=define<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Linker and Libraries:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ld='gcc'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ldflags ='-Wl,-z,relro -Wl,--as-needed -Wl,-z,now -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-annobin-cc1 -fstack-protector-strong -L/usr/local/lib'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> libpth=/usr/local/lib64 /lib64 /usr/lib64 /usr/local/lib /usr/lib /lib/../lib64 /usr/lib/../lib64 /lib<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> libs=-lpthread -lresolv -lgdbm -ldb -ldl -lm -lcrypt -lutil -lc -lgdbm_compat<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> perllibs=-lpthread -lresolv -ldl -lm -lcrypt -lutil -lc<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> libc=/lib/../lib64/libc.so.6<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> so=so<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> useshrplib=true<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> libperl=libperl.so<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> gnulibc_version='2.34'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Dynamic Linking:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> dlsrc=dl_dlopen.xs<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> dlext=so<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> d_dlsymun=undef<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ccdlflags='-Wl,--enable-new-dtags -Wl,-z,relro -Wl,--as-needed -Wl,-z,now -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-annobin-cc1 '<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> cccdlflags='-fPIC'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> lddlflags='-lpthread -shared -Wl,-z,relro -Wl,--as-needed -Wl,-z,now -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-annobin-cc1 -L/usr/local/lib -fstack-protector-strong'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Characteristics of this binary (from libperl):<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Compile-time options:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> HAS_TIMES<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MULTIPLICITY<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> PERLIO_LAYERS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> PERL_COPY_ON_WRITE<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> PERL_DONT_CREATE_GVSV<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> PERL_IMPLICIT_CONTEXT<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> PERL_MALLOC_WRAP<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> PERL_OP_PARENT<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> PERL_PRESERVE_IVUV<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_64_BIT_ALL<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_64_BIT_INT<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_ITHREADS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_LARGE_FILES<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_LOCALE<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_LOCALE_COLLATE<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_LOCALE_CTYPE<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_LOCALE_NUMERIC<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_LOCALE_TIME<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_PERLIO<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_PERL_ATOF<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_REENTRANT_API<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_SITECUSTOMIZE<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> USE_THREAD_SAFE_LOCALE<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Locally applied patches:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch1: Removes date check, Fedora/RHEL specific<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch2: support for libdir64<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch3: use libresolv instead of libbind<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch4: USE_MM_LD_RUN_PATH<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch5: Provide MM::maybe_command independently (bug #1129443)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch6: Dont run one io test due to random builder failures<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch8: Define SONAME for libperl.so<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch9: Install libperl.so to -Dshrpdir value<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch10: Make *DBM_File desctructors thread-safe (RT#61912)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch11: Replace EU::MakeMaker dependency with EU::MM::Utils in IPC::Cmd (bug #1129443)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch12: Link XS modules to pthread library to fix linking with -z defs<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch13: Pass the correct CFLAGS to dtrace<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch14: Do not use C compiler reserved identifiers<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch15: Fix SvUV_nomg() macro definition<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch16: Fix SvTRUE() documentation<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch17: Fix ext/XS-APItest/t/utf8_warn_base.pl tests<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch18: Fix IO::Handle::error() to report write errors (GH#6799)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch19: Fix IO::Handle::error() to report write errors (GH#6799)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch21: Fix setting a non-blocking mode in IO::Socket::UNIX (GH#17787)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch22: Fix running actions after stepping in a debugger (GH#17901)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch23: Fix running actions after stepping in a debugger (GH#17901)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch24: Fix running actions after stepping in a debugger (GH#17901)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch25: Fix a buffer size for asctime_r() and ctime_r() functions<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch26: Prevent from an integer overflow in RenewDouble() macro<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch28: Fix a number of arguments passed to a BOOT XS subroutine (GH#17755)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch29: Fix an IO::Handle spurious error reported for regular file handles (GH#18019)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch30: Fix inheritance resolution of lexial objects in a debugger (GH#17661)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch35: Fix sorting with a block that calls return (GH#18081)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch38: Fix sv_collxfrm macro to respect locale<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch39: Fix an iterator signedness in handling an mro exception (GH#18155)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch40: Fix a code flow in Perl_sv_inc_nomg()<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch41: Fix an undefined behavior in Perl_custom_op_get_field()<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch42: Fix Config variable names in in t/op tests<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch43: Fix fetching a magic on the stacked file test operators<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch44: Fix a crash in optimizing split() (GH#18232)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch45: Fix a crash in optimizing split() (GH#18232)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch46: Fix a crash in optimizing split() (GH#18232)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch47: Fix a crash in optimizing split() (GH#18232)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch48: Make accessing environment by DynaLoader thread-safe<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch49: Use duplocale() if available<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch50: Fix fc() in Turkish locale<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch51: Fix croaking on "my $_" when "use utf8" is in effect (GH#18449)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch52: Fix PERL_UNUSED_ARG() definition in XSUB.h<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch53: Add missing entries to perldiag (GH#18276)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch54: Protect locale tests from LANGUAGE environment variable<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch55: Prevent the number of buckets in a hash from getting too large<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch56: Fix a memory leak when compiling a regular expression (GH#18604)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch57: Fix dumping a hash entry of PL_strtab type<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch57: Fix an arithmetic left shift of a minimal integer value (GH#18639)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch200: Link XS modules to libperl.so with EU::CBuilder on Linux<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch201: Link XS modules to libperl.so with EU::MM on Linux<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Fedora Patch202: Add definition of OPTIMIZE to .ph files (bug #2159759)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Built under linux<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Compiled at Jan 18 2023 00:00:00<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> %ENV:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> PERL5LIB=":/data/users/cjagla/src/bioperl-1.6.924:/data/users/cjagla/src/ensembl/modules:/data/users/cjagla/src/ensembl-compara/modules:/data/users/cjagla/src/ensembl-variation/modules:/data/users/cjagla/src/ensembl-funcgen/modules:/data/users/cjagla/src/ensembl-metadata/modules:/data/users/cjagla/src/ensembl-taxonomy/modules"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> @INC:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /data/users/cjagla/src/bioperl-1.6.924<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /data/users/cjagla/src/ensembl/modules<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /data/users/cjagla/src/ensembl-compara/modules<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /data/users/cjagla/src/ensembl-variation/modules<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /data/users/cjagla/src/ensembl-funcgen/modules<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /data/users/cjagla/src/ensembl-metadata/modules<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /data/users/cjagla/src/ensembl-taxonomy/modules<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /usr/local/lib64/perl5/5.32<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /usr/local/share/perl5/5.32<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /usr/lib64/perl5/vendor_perl<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /usr/share/perl5/vendor_perl<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /usr/lib64/perl5<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> /usr/share/perl5<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">perl -MDBI -e 'warn $DBI::VERSION'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">1.643 at -e line 1.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">perl -MDBD::mysql -e 'warn $DBD::mysql::VERSION'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">4.050 at -e line 1.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
</div>
</body>
</html>