
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /></head><body style='font-size: 12pt; font-family: Verdana,Geneva,sans-serif'>

<div class="pre" style="margin: 0; padding: 0; font-family: monospace">Hello,<br /><br />I'm trying to use Ensembl VEP as part of my Masters thesis project where I'm building a Python package that will annotate my data using Ensembl VEP as well as other tools and then feed it to a model to predict an outcome. I'm using the GrCH37 assembly.<br /><br />Initially, I was using the web version of Ensembl VEP manually to get annotations, but now, I want to use the REST API to integrate the Ensembl VEP annotation part into my code.<br /><br />But upon looking at <a href="https://rest.ensembl.org/">the Ensembl Rest API endpoints</a> and testing them out, I cannot seem to find most of the annotations that the web version was providing me with, namely SpliceAI, ada_score, rf_score, LOEUF, ENSP terms, GO terms and UNIPARC terms. Is it because these are plugins?<br /> <br />Can you please let me know if these annotations are provided within the REST API, and if so, which endpoints I can use to get them?<br /><br />Thank you so much for your time and your effort.<br /> <br />Best regards,<br />Sana Basharat<br />Masters student (Data Informatics)<br />Middle East Technical University<br />Ankara, Turkiye</div>

</body></html>