<div dir="ltr">Hello Ensembl Team,<div><br></div><div>Some variants in GRCh37 can be remapped to the same location in GRCh38. E.g. 1-13497572-G-A (<a href="https://gnomad.broadinstitute.org/variant/1-13497572-G-A?dataset=gnomad_r2_1">https://gnomad.broadinstitute.org/variant/1-13497572-G-A?dataset=gnomad_r2_1</a>) and 1-13718406-G-A (<a href="https://gnomad.broadinstitute.org/variant/1-13718406-G-A?dataset=gnomad_r2_1">https://gnomad.broadinstitute.org/variant/1-13718406-G-A?dataset=gnomad_r2_1</a>) in GRCh37 are both remapped to 1-13391946-G-A in GRCh38 according to gnomAD webpages.</div><div><br></div><div>From the gnomAD v2 VCF in Ensembl FTP, both records are observed:</div><div><br></div><div><font face="monospace">$ bcftools view -Ou  <a href="http://ftp.ensembl.org/pub/data_files/homo_sapiens/GRCh38/variation_genotype/gnomad/r2.1.1/exomes/gnomad.exomes.r2.1.1.sites.1.liftover_grch38_no_VEP.vcf.gz">http://ftp.ensembl.org/pub/data_files/homo_sapiens/GRCh38/variation_genotype/gnomad/r2.1.1/exomes/gnomad.exomes.r2.1.1.sites.1.liftover_grch38_no_VEP.vcf.gz</a> -i 'ALT="A"' chr1:13391946-13391946 | bcftools query -f '%CHROM<br>%POS %ID %REF %ALT %AC %AN %AF\n'<br>chr1 13391946 rs199881782 G A 6177 85026 0.0726484<br>chr1 13391946 rs200047809 G A 72 211396 0.000340593</font><br></div><div><br></div><div>From VEP 111, I obtained gnomADe_AF=0.0003406 for this variant.</div><div><br></div><div>I wonder how VEP determines to report the AF of rs200047809, instead of rs199881782 or arithmetic mean of both.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Regards,<div>Wallace Ko</div></div></div></div></div></div>