<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I found another case where the VEP result is not the same as that of the Ensembl website. Please see if this helps your investigation.</div><div><br></div><div>For the GRCh38 variant 1-13260172-G-A, 3 records are observed in the VCF:</div><div><br></div><div><font face="monospace">$ bcftools query -Hf '%CHROM %POS %ID %REF %ALT %AC %AN %AF\n' -r chr1:13260172 -i 'ALT="A"'  <a href="http://ftp.ensembl.org/pub/data_files/homo_sapiens/GRCh38/variation_genotype/gnomad/r2.1.1/exomes/gnomad.exomes.r2.1.1.sites.1.liftover_grch38_no_VEP.vcf.gz">http://ftp.ensembl.org/pub/data_files/homo_sapiens/GRCh38/variation_genotype/gnomad/r2.1.1/exomes/gnomad.exomes.r2.1.1.sites.1.liftover_grch38_no_VEP.vcf.gz</a> | column -ts' '<br>#[1]CHROM  [2]POS    [3]ID        [4]REF  [5]ALT  [6]AC  [7]AN   [8]AF<br>chr1       13260172  rs4026293    G       A       76892  147882  0.519955<br>chr1       13260172  rs200091507  G       A       33     49948   0.000660687<br>chr1       13260172  .            G       A       54     191992  0.000281262</font><br></div><div><br></div><div>In VEP 111, gnomADe_AF=0.0002813, which corresponds to the 3rd record in the VCF.</div><div><br></div><div>In Ensembl website (<a href="https://ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?db=core;r=1:13260172-13260172;v=rs1553173632;vdb=variation;vf=52479317">https://ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?db=core;r=1:13260172-13260172;v=rs1553173632;vdb=variation;vf=52479317</a>), it shows that AF for allele A is 0.520, which corresponds to the first record in the VCF.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Regards,<div>Wallace Ko</div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Feb 27, 2024 at 5:32 PM Wallace Ko <<a href="mailto:myko@l3-bioinfo.com">myko@l3-bioinfo.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello Ensembl Team,<div><br></div><div>Some variants in GRCh37 can be remapped to the same location in GRCh38. E.g. 1-13497572-G-A (<a href="https://gnomad.broadinstitute.org/variant/1-13497572-G-A?dataset=gnomad_r2_1" target="_blank">https://gnomad.broadinstitute.org/variant/1-13497572-G-A?dataset=gnomad_r2_1</a>) and 1-13718406-G-A (<a href="https://gnomad.broadinstitute.org/variant/1-13718406-G-A?dataset=gnomad_r2_1" target="_blank">https://gnomad.broadinstitute.org/variant/1-13718406-G-A?dataset=gnomad_r2_1</a>) in GRCh37 are both remapped to 1-13391946-G-A in GRCh38 according to gnomAD webpages.</div><div><br></div><div>From the gnomAD v2 VCF in Ensembl FTP, both records are observed:</div><div><br></div><div><font face="monospace">$ bcftools view -Ou  <a href="http://ftp.ensembl.org/pub/data_files/homo_sapiens/GRCh38/variation_genotype/gnomad/r2.1.1/exomes/gnomad.exomes.r2.1.1.sites.1.liftover_grch38_no_VEP.vcf.gz" target="_blank">http://ftp.ensembl.org/pub/data_files/homo_sapiens/GRCh38/variation_genotype/gnomad/r2.1.1/exomes/gnomad.exomes.r2.1.1.sites.1.liftover_grch38_no_VEP.vcf.gz</a> -i 'ALT="A"' chr1:13391946-13391946 | bcftools query -f '%CHROM<br>%POS %ID %REF %ALT %AC %AN %AF\n'<br>chr1 13391946 rs199881782 G A 6177 85026 0.0726484<br>chr1 13391946 rs200047809 G A 72 211396 0.000340593</font><br></div><div><br></div><div>From VEP 111, I obtained gnomADe_AF=0.0003406 for this variant.</div><div><br></div><div>I wonder how VEP determines to report the AF of rs200047809, instead of rs199881782 or arithmetic mean of both.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr">Regards,<div>Wallace Ko</div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>