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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I noticed that Ensembl publishes ancestral alleles for a few species, e.g.
<a href="https://ftp.ensembl.org/pub/release-112/fasta/ancestral_alleles/">https://ftp.ensembl.org/pub/release-112/fasta/ancestral_alleles/</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">These are calculated based on EPO alignments that are built for subsets of species.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">How does Ensembl decide which species to call ancestral alleles for? Can we request new species be added? Can I run the ancestral allele pipeline for my own species/EPO alignment of choice?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thank your for the help!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Murillo<o:p></o:p></p>
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