If you can find a line of input that reproduces the error, then I can run it through a debug process here.<div><br></div><div>That would be great!</div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br>Will</div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On 30 November 2012 10:01, KingWai Lau <span dir="ltr"><<a href="mailto:KingWai.Lau@icr.ac.uk" target="_blank">KingWai.Lau@icr.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Hi,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Unfortunately, we are stuck with Ensemble 65. By now, I tried VEP 2.2  2.7, they return the same error. Any there anything I can do/provide so that you can help?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Best,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">King Wai<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm"><p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org" target="_blank">dev-bounces@ensembl.org</a> [mailto:<a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org" target="_blank">dev-bounces@ensembl.org</a>] <b>On Behalf Of </b>Will McLaren<br>
<b>Sent:</b> 30 November 2012 09:51<br><b>To:</b> Ensembl developers list<br><b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] VEP return error<u></u><u></u></span></p></div><div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">
Hello,<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Have you tried updating your API installation?<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p></div>
<div><p class="MsoNormal">I seem to recall at least one other user encountering this problem (though I can't seem to find reference to it in my email records), and I think it was fixed by a patch to the API.<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">I would also recommend that you always use the latest version of the script - this is now 2.7. If you use 2.7 you _must_ have the appropriate version of the API installed - for 2.7 this is 69. You can see the corresponding versions here:<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/variation/vep/vep_script.html#download" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/variation/vep/vep_script.html#download</a><u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">To make it easier, you can run the INSTALL.pl script supplied in the script download archive, which will install/update the API to the appropriate version for the script.<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Regards<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Will McLaren<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal">Ensembl Variation<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">On 30 November 2012 09:16, KingWai Lau <<a href="mailto:KingWai.Lau@icr.ac.uk" target="_blank">KingWai.Lau@icr.ac.uk</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<div><div><p>Dear sir/Madam,<u></u><u></u></p><p><u></u><u></u></p><p>We are having difficulty to use variant effect predictor. We have Ensembl API 65, homo_sapiens_vep_65_sift_polyphen.tar.gz, VEP v2.3. we use the following command, and got an error. We have tried VEP 2.4, 2.6. Do you have any ideas how to solve it?<u></u><u></u></p>
<p><u></u><u></u></p><p><u></u><u></u></p><p><u></u><u></u></p><p>perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> --host <a href="http://ensembldb.ensembl.org" target="_blank">ensembldb.ensembl.org</a> --user anonymous --port 5306 --db_version 65 --cache --dir /vep --sift b --polyphen b --ccds --hgvs --hgnc --regulatory --canonical --protein --check_existing --check_alleles --quiet --no_progress --force_overwrite --format vcf --custom FACT5728.vcf.gz,samtools,vcf,exact,0 --input_file FACT5728.vcf -o FACT5728.csv<u></u><u></u></p>
<p>2012-11-29 17:17:20 - Retrieved 5000 custom annotations (5000 samtools)<u></u><u></u></p><p><u></u><u></u></p><p>-------------------- EXCEPTION --------------------<u></u><u></u></p><p>MSG: Sequence NNNNNNNNNNNNNNNNNNN contains invalid characters: Only Aa Cc Gg Tt accepted STACK Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::relative_affinity /home/apps/ensembl/ensembl65/ensembl-functgenomics/modules/Bio/EnsEMBL/Funcgen/BindingMatrix.pm:296<u></u><u></u></p>
<p>STACK Bio::EnsEMBL::Variation::MotifFeatureVariationAllele::motif_score_delta /home/apps/ensembl/ensembl65/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/MotifFeatureVariationAllele.pm:169<u></u><u></u></p><p>STACK Bio::EnsEMBL::Variation::Utils::VEP::vf_to_consequences /home/apps/ensembl/ensembl65/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm:927<u></u><u></u></p>
<p>STACK Bio::EnsEMBL::Variation::Utils::VEP::get_all_consequences /home/apps/ensembl/ensembl65/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm:816<u></u><u></u></p><p>STACK main::main /home/cancgene/klau/software/vep/2.3/variant_effect_predictor/<a href="http://variant_effect_predictor.pl:161" target="_blank">variant_effect_predictor.pl:161</a><u></u><u></u></p>
<p>STACK toplevel /home/cancgene/klau/software/vep/2.3/variant_effect_predictor/<a href="http://variant_effect_predictor.pl:66" target="_blank">variant_effect_predictor.pl:66</a><u></u><u></u></p><p>Ensembl API version = 65<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"><br>The Institute of Cancer Research: Royal Cancer Hospital, a charitable Company Limited by Guarantee, Registered in England under Company No. 534147 with its Registered Office at 123 Old Brompton Road, London SW7 3RP.<br>
<br>This e-mail message is confidential and for use by the addressee only. If the message is received by anyone other than the addressee, please return the message to the sender by replying to it and then delete the message from your computer and network.<u></u><u></u></p>
</div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>_______________________________________________<br>Dev mailing list  <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p></div></div></div></div><div><div class="h5"><br clear="both">
The Institute of Cancer Research: Royal Cancer Hospital, a charitable Company Limited by Guarantee, Registered in England under Company No. 534147 with its Registered Office at 123 Old Brompton Road, London SW7 3RP.<br>
<br>
This e-mail message is confidential and for use by the addressee only.  If the message is received by anyone other than the addressee, please return the message to the sender by replying to it and then delete the message from your computer and network.<br>

</div></div></div><br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list  <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>