<div dir="ltr">Hi again Ensembl devs,<div><br></div><div style>I solved the problem of the empty comboboxes adding the EG BLAST module to the Plugins.pm and after that the dna and peptides databases are showed (LATESTGP, ...).</div>

<div style>However, the parsing step still failing, but another problem appeared before this one.</div><div style><br></div><div style>When I run the blast, Ensemble generates the following command:</div><div style><br></div>

<div style>[...] export BLASTFILTER=/local/bin/wu_blast/filter; export BLASTDB=/usr/local/blastdb/ensembl_protists; †cat /usr/local/ensembl_protists/blastqueue/BLA_dl/8iCXWDa/N0kXvsKh.fasta | blastall -d Plasmodium_falciparum.ASM276v1.17.dna.toplevel.fa -p blastn †<b>-S NORMAL</b> -b 250 -e 10 †> †[...]<br>

</div><div style><br></div><div style>In this command the <b>-S NORMAL </b>flag is used to set the sensitivity, however for <i>blastall†</i>the -S doesn't configure the sensitivity, it's used to set the <b>STRAND</b></div>

<div style>The trouble is located in <i>eg-plugins/blast/modules/EnsEMBL/Web/BlastView/MetaDataBlast.pm, </i>in the following line (943):</div><div style><br></div><div style><div><font face="courier new, monospace">† my $sensitivity = uc( $blastview::CGI->param('sensitivity') );</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace">† # set sensitivity parmeter for EBI BLAST</font></div><div><font face="courier new, monospace">† eval{ $factory->option('-S', $sensitivity )};</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">† if( $@ =~ /MSG:\s(.+)/ ){ warn($@) && return $1 }</font></div><div><font face="courier new, monospace">† if( $@ ){ warn($@) && return $@ }</font></div><div><br></div>

</div><div style>So, I think I've a problem in the BLAST configuration and Ensembl tries to work with EBI BLAST instead of NCBI BLAST and when trying to parse the BLAST results it crashes... Any idea?</div><div style>

In the previous email I attached the content of my MULTI.ini file, Is it correct?</div><div style><br></div><div style>Thank you and regards,</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><font style="color:rgb(102,102,102)"><span style="font-family:tahoma,sans-serif">Rafa HernŠndez de Diego </span></font><br>

<div><font color="#999999" style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-size:12.727272033691406px"><br class="">SLU-Global Bioinformatics†Center</span><br style="font-size:12.727272033691406px"></font><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px;color:rgb(153,153,153)">Swedish University for Agricultural Sciences (SLU)</span><font color="#999999" style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>

<span style="font-size:12.727272033691406px">Gerda Nilssons všg 2,††</span><br style="font-size:12.727272033691406px"><span style="font-size:12.727272033691406px">†Box 7023,†750 07 Uppsala, Sweden.</span></font><br></div>

</div></div></div>