<div dir="ltr">Hi Matt,<div><br></div><div>I'm afraid your options are somewhat limited here. The custom caches, as you suspected, are just for gene and transcript data.</div><div><br></div><div>You can use the --custom flag to look for overlaps with your features in a gff or similar (<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html</a>), but this won't do any sequence-based analysis.</div><div><br></div><div>I could see two possible routes:</div><div><br></div><div>1) Write a plugin to do the analysis. Without knowing the nature of your data, it's hard for me to guess at what you might have to do in the plugin, but I anticipate you'd probably read features from a tabix-indexed data file and then proceed with the analysis from there. The dbNSFP and CADD plugins do similar things (<a href="https://github.com/ensembl-variation/VEP_plugins">https://github.com/ensembl-variation/VEP_plugins</a>)</div><div><br></div><div>2) Add your data to a custom Ensembl Funcgen database, and either use this directly or build a cache from it. I have no sense of how hard or easy this might be; our Funcgen team might be able to give some insight here.</div><div><br></div><div>HTH</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 8 October 2014 19:56, Matt Wood <span dir="ltr"><<a href="mailto:matt.wood@codifiedgenomics.com" target="_blank">matt.wood@codifiedgenomics.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">We have some custom motifs and transcription factor binding sites that 
we'd like to get incorporated into our VEP output. I know that we can 
create custom caches, but that doesn't sound right for motifs. I know 
plugins are also a possibility.<br><br>Do you have any suggestions about how I'd incorporate this into VEP or how I should get started?<br><br>Thank you.</div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list¬† ¬† <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>