<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi all!<br><br></div>I have a list of genomic coordinates of exons and I want to transform them into protein coordinates of the different protein isoforms these exons belong to. Moreover I want to find the protein coordinates of the domains of these proteins, and then overlap the 2 sets of information to find exons which encode for protein domains. For what I read the (only?) way to do so is to use the Perl API of ensembl, and in particular¬† I should use TranscriptMapper and ProteinFeauture, right? I read the the tutorial and the documentation but I still find it very difficult to understand the API and I don't knowhow to write the code in a way to restrict the query only to my list of exons/proteins. Could you please show me some examples? In particular I'd like to know what Greg did to find the protein coordinates of the protein domains (<a href="http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/2015-April/011013.html">http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/2015-April/011013.html</a>).<br></div><br></div>Thank you in advance and I apologize if I did some mistake in the thread, it's the first time that I'm using the ensembl mailing list.<br><br></div>P.S. Please, please, please, make the protein coordinates accessible in Ensembl gene mart as soon as possible, it would save a lot of work/time<br><br></div>Thanks again!<br></div>