<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
<p>Hi Will,</p>
<p>It looks like its only the "clin_sig" and "pubmed" fields.  There are a few other fields I see in the output, but those are coming from the dbNSFP plugin, so I'm not sure if VEP controls the output format for fields added by plugins.  For default VEP without
 plugins, only the "clin_sig" and "pubmed" fields seem to be affected.<br>
</p>
<p>Best,<br>
</p>
<p>Mike D'Eletto<br>
</p>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 11/02/2017 09:37 AM, William McLaren wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite" cite="mid:etPan.59fb1f93.5214b89c.1299@ebi.ac.uk"><style>body{font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px}</style>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color:
        rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
Hi Michael,</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color:
        rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
<br>
</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color:
        rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
Any fields that can have multiple values should be returned as a list, not a comma-separated string, so Id say this is a bug in the  old code which has not been comprehensively fixed in the new.</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color:
        rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
<br>
</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color:
        rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
Can you please provide a complete list of those fields youve found a problem with? Well then get these fixed for release/91.</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color:
        rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
<br>
</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color:
        rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
Regards</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color:
        rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
<br>
</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color:
        rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
Will McLaren</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color:
        rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
Ensembl Variation</div>
<br>
<br>
<p class="airmail_on">On 1 November 2017 at 12:56:13 pm, D'Eletto, Michael (<a href="mailto:michael.d%27eletto@ynhh.org" moz-do-not-send="true">michael.d'eletto@ynhh.org</a>) wrote:</p>
<blockquote type="cite" class="clean_bq"><span>
<div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
<div>
<title></title>
Hi Ensembl team,<br>
<br>
I've been using VEP for the past year (release 83) and I'm trying to test / validate the latest VEP version (release 90).  We use the "--json" flag as the method of output, but noticed that the field types changed between release 83 and release 90.  Is this
 due to changes in the new "vep" script versus the "variant_effect_predictor.pl" script?  Specifically, some fields like "pubmed" and "clin_sig" were converted from arrays / lists to concatenated strings in the latest version, and other fields like "trembl"
 and "swissprot" were converted from concatenated strings to arrays / lists.  Just curious if this was intentional or a bug.  For example:<br>
<br>
<span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt;
                background-color: rgb(255, 255, 255); color: rgb(102,
                14, 122); font-weight: bold;" class="">"pubmed"</span><span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt;
                background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">:
 [</span><span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt;
                background-color: rgb(255, 255, 255); color: rgb(0, 0,
                255);" class="">20632448</span><span style="font-family:
                Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255,
                255);" class="">,</span>
<span style="font-family:
                Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255,
                255); color: rgb(0, 0, 255);" class="">
21356067</span><span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt;
                background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">]<br>
<br>
vs<br>
</span><br>
<pre style="background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: Menlo; font-size: 9pt;" class=""><span style="color:#660e7a;font-weight:bold;" class="">"pubmed"</span>: <span style="color:#008000;font-weight:bold;" class="">"20632448,21356067"</span></pre>
<br>
Thank you,<br>
<br>
Mike D'Eletto<br>
<br>
<br>
<br>
<font size="1" face="Lucida Sans">This message originates from the Yale New Haven Health System. The information contained in this message may be privileged and confidential. If you are the intended recipient you must maintain this message in a secure and confidential
 manner. If you are not the intended recipient, please notify the sender immediately and destroy this message. Thank you.</font> _______________________________________________
<br>
Dev mailing list <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org">
Dev@ensembl.org</a> <br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">
http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a> <br>
Ensembl Blog: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensemblinfo/">http://www.ensembl.info/</a>
<br>
</div>
</div>
</span></blockquote>
<br>
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset> <br>
<pre wrap="">_______________________________________________
Dev mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
Ensembl Blog: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensemblinfo/">http://www.ensembl.info/</a>
</pre>
</blockquote>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">
</pre>
</body>
</html>